En juillet 2004, une équipe constituée de militaires, de scientifiques, de techniciens, de médecins et d'autres civils divers quitte la Terre pour rejoindre la cité des Anciens, dans Galaxie de Pégase. Dès leur arrivée dans la cité sous-marine, celle-ci se réveille peu à peu. Les éclairages se rallument, des appareils se remettent en marche, et au bout de quelques heures, la cité émerge des eaux pour flotter. Autour de la cité, depuis ses nombreux balcons, on ne voit que l'océan à perte de vue. On trouve un continent à quelques miles de la cité, mais seulement après avoir découvert l'iris du plafond du hangard à jumper.

Les jours passent. Les nouveaux habitants de la cité explorent les lieux, et s'installent peu à peu. Chacun choisit ses quartiers. Les scientifiques découvrent des laboratoires anciens. Ils y installent leur matériel et commencent à étudier certains appareils, ainsi que les archives laissées par les créateurs de cette cité.

Par contre, les explorateurs ne peuvent ni contacter, ni rejoindre la Terre. En effet, ils auraient bien besoin de deux E2PZ, mais ils n'en trouvent pas dans la cité. Tout le monde doit donc économiser l'énergie au maximum. Aussi, les réserves de nourritures commencent à diminuer. Il va falloir penser à trouver des vivres. Peut-être que sur les planètes listées dans les archives des anciens, les explorateurs trouveront de la nourriture... peut-être même des civilisations avec qui créer des alliances commerciales... et même de nouvelles formes de vie...

- Histoire et personnages tirés et inspirés de Stargate SG1 et Stargate Atlantis
- Adaptation et scénario: Mallory Quinn & Tim Creegan

Previously on "Stargate Atlantis, réalité alternative:
Le 10 août 2004. Ce qui devait être une simple mission d'exploration tourna au drame... Les athosiens échappèrent de peu à une éruption volcanique, après avoir subi plusieurs séismes. Les autochtones de la planète Athos furent donc, dans l'urgence, accueillis dans la cité d'Atlantis. Cependant, tout le monde ne rentra pas sain et sauf de cette mission: le major Evan Lorne était manquant. Il réussit à faire gagner quelques minutes au convoi composé d'autochtones et de ses collègues. Mais lorsque Tim Creegan voulu le rejoindre, afin de le ramener avec lui, il ne trouva que ses affaires et ses vêtements. Le militaire avait tout simplement disparu.

Scénario en cours: épisode 1.02 "découvertes"
Le 2 septembre 2004. Des informations dans la base de données de la cité parlent d'un laboratoire d'expériences médicales qui se trouveraient sur le continent. Une équipe, exclusivement composée de femmes, est donc envoyée afin de voir ce que contient ce laboratoire et d'en ramener ce qui pourrait être utile. Que vont-elles donc trouver?