« Les Cylons furent créés par l’Homme. Ils se sont rebellés. Ils ont évolué. Ils ressemblent à des humains et ont des sensations humaines. Certains sont programmés pour penser qu’ils sont humains. Il existe plusieurs copies. Et ils ont un plan... »

Quelque part dans l'univers, à une époque dont on ne sait rien, douze colonies humaines prospèrent. Les Hommes ont créé des machines cybernétiques, les Cylons, pour les aider dans la gestion des colonies. Mais les Cylons se rebellent, et une guerre sanglante s’engage entre les Cylons et les Humains. Un armistice est finalement signé, les Cylons s’en vont, et on entend plus parler d’eux pendant quarante ans.

Lorsque la série débute, quarante années après la guerre contre les Cylons, la menace est oubliée et la paix règne enfin... Le dernier vaisseau de guerre, le BSG-75 Galactica, va bientôt être désarmé pour devenir un musée. Quant à son commandant, William Adama, la retraite marque son visage. Mais la paix sera de courte durée lorsque les Cylons, dont certains ont désormais forme humaine, réapparaîtront subitement et détruiront les douze colonies, anéantissant la presque totalité de l’espèce humaine. Une guerre éclair obligeant le Galactica à fuir avec les derniers vaisseaux coloniaux civils. De ce génocide massif, n’ont survécu qu’une cinquantaine de milliers d’hommes.

C’est la secrétaire à l’éducation, Laura Roslin, qui devient Présidente des douze colonies, alors que William Adama prend le commandement de la force militaire des humains à bord du Galactica. Cette dernière flotte de l'humanité part ainsi en quête d'une légende, la dernière et treizième colonie de Kobol : la Terre...